北京兴善公益基金会自2018年成立以来，逐步建立了一整套基金会管理制度，目的在于通过建立健全规章管理制度，全面实现规范化管控，严格按照规章制度的要求进行操做运行。具体制度包括：

理事会管理制度、档案管理制度、业务关联交易管理制度、监事管理制度、票据管理制度、采购管理制度、人力管理制度、财务管理制度、项目管理制度、信息公开管理制度、志愿者管理制度、《理事会工作制度》、《基金会财务管理制度》、《基金会项目财务办法》、《专项基金管理办法》、《监事工作制度》、《档案管理制度》等一系列规章制度。不仅规范了基金会的组织和活动，也维护了捐赠人的合法权益有效地促进了社会力量积极参与公益事业活动，为发展和壮大基金会奠定了坚实的基础。